● 이 사건은 재정비사업과 관련된 판례로서 기존 주택에 대한 철거비나 교통영향평가비용 등을 토지관련 비용으로 보아 매입세액에서 공제해야 하는지에 대한 내용이다. 대법원에서는 각 항목별로 면세부분에 해당하는지, 또는 과세부분에 해당하는지 등을 면밀하게 따져 과세하도록 판시했다.

주택재개발이나 재건축은 기존의 주택을 허물고 새로 짓는 것이므로 기존주택의 철거비나 토지정비, 주변의 기존 주택 및 시설들과의 조화를 위해 많은 준비와 시간, 비용이 투입된다. 이때 발생하는 비용들은 부가가치세법상 토지를 사용하기 위해 발생한 비용인지 건물공급을 위해 발생하는 비용인지에 따라 매입세액 공제여부가 달라져 재개발, 재건축 사업자의 부가세 신고 시 많은 논란이 되고 있다.

● 사실관계

원고(청구법인)는 2006년 12월 22일 조합설립인가를 받아 설립된 주택재개발 정비사업조합으로서, 2007년 8월10일 사업시행인가를 받고 2008년 9월10일 구청장으로부터 관리처분계획인가를 받아 재개발 정비사업을 추진 중에 있다.

2008년 제2기 확정부가가치세 신고 시 매입세액 7억5200만원 중 토지 관련 매입세액 1500만원(소유권이전 및 대지조성 비용)을 제외한 시공사(설계회사 및 철거회사 포함)의 매출로 인한 공통매입세액 3억900만원 및 기타 공통매입세액 4억2700만원에 대해 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산해 공제되는 매입세액을 산정한 후 1억8000만원을 환급세액으로 신고했다.

그러나 피고(처분청)는 토지관련 매입세액 외에도 원고가 공통매입세액으로 신고한 철거비용, 감정평가수수료, 교통·환경영향평가비용, 측량비용, 소송비용 등이 매입세액이 불공제되는 토지관련 매입세액이라고 보아 원고에 대한 2008년 제2기 부가가치세 환급액을 2200만원으로 결정했다.

● 납세자의 주장

조합원들로부터 토지 및 지상의 기존 건축물을 현물출자받아 기존 건축물을 철거하고 주택 및 상가를 신축하는 것은 실질적으로는 재건축하는 것일뿐 조합원들로부터 토지를 취득한 것으로 볼 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 철거비 등을 토지관련 매입세액으로 보아 환급청구를 거부한 처분은 위법한 처분이다.

감정평가수수료, 환경·교통영향평가비용, 측량비용, 소송비용, 정비기반시설 토목설계비, 정비기반시설 설치비 또한 토지관련 매입세액으로 볼 수 없으므로 이들 비용을 매입세액에서 불공제한 것은 위법하다.

● 과세관청의 주장

이주 및 건축물 철거, 건축폐기물 처리용역공사 계약을 체결 후 지출한 철거공사비 관련 매입세액은 건축물을 철거하는 일련의 비용으로서 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위해 지출된 비용이므로 ‘부가가치세법 시행령’ 제60조 제6항의 규정에 의한 토지관련 매입세액이다.

교통영향평가 및 환경영향평가 비용 등 또한 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위해 지출된 비용으로 이 또한 토지 관련 매입세액이다. 토지 및 건축물의 감정평가비, 조합원 지위 확인 등 소송비용, 측량비 등도 새로운 아파트의 건축을 위한 토지 사용을 위해 지출된 비용으로 처분은 정당하다고 주장했다.

● 고등법원까지의 판단

기존주택의 철거비용은 주택신축을 위한 토지확보를 위해 소요되는 비용이다. 또한, 교통영향평가비와 환경영향평가비, 감정평가비는 토지와 건물에 공통으로 관련될 경우, 건물 착공시기를 기준으로, 그 전에 용역을 제공받고 지급한 비용은 토지에 대한 자본적 지출로, 그 이후에 용역을 제공받고 지급한 비용은 건물에 대한 자본적 지출로 보는 것이 타당하다.

소송을 위한 변호사수수료도 주택신축 이전에 토지의 확보를 위해 소요되는 비용으로 볼 수 있으므로 토지관련 매입세액이며, 지적현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비 관련 매입세액 역시 주택 신축 이전에 토지를 사용하기 위해 지출된 비용이므로 토지관련 매입세액에 해당한다.

행정법원에서는 종전의 토지를 대신해 공급하는 토지 및 건축물은 ‘부가가치세법’ 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하고 있으므로, 조합원들에게 분양할 주택 및 상가의 면적과 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액으로서가 아니라, 구 ‘부가가치세법’ 제17조 제1항 제1호 및 구 ‘조세특례제한법’ 제104조의7 제3항 규정에 따라 공제될 매입세액에서 제외되는 것이므로 조합원 분양분 주택 및 상가가 신축될 토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부와 관계없이 공제 내지 환급의 대상이 될 수 없다고 했다.

철거비 이외의 비용 역시 궁극적으로 일반분양분 주택이 건축된 토지를 취득, 조성, 사용하거나 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 비용으로 자본적 지출에 관련된 매입세액이라고 보았다. 고등법원의 의견 또한 행정법원의 의견과 동일했다.

● 대법원 판결

대법원에서는 원고가 조합원들로부터 현물출자받은 토지 중 부가가치세 과세대상인 국민주택 규모를 초과하는 일반분양분 주택을 건축하는 토지 부분은 그 목적사업을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위해 조합원들로부터 취득한 원고의 소유로 보고, 그 전제 아래에서 원고가 일반분양분 토지에 건물을 신축하기 위해 지출한 철거비용 등이 매입세액이 불공제되는 토지와 관련한 비용에 해당하는지 여부를 판단한 것으로 위법이 없다고 판시했다.

감정평가수수료 중 분양예정인 대지와 건축물의 추산액을 산정하는 데에 소요된 용역대가는 종전의 토지 또는 건축물의 가격을 평가함에 소요된 용역대가와 달리 토지의 취득과 관련이 없으며, 환경·교통영향평가비용은 그 평가항목에 따라 토지의 취득과 관련이 없는 비용이 있을 수 있으며, 토목설계·설치비용은 해당 구축물의 취득비용에 해당하는 것으로서 원칙적으로 토지와 관련해 지출한 비용이나 토지의 취득원가에 해당하지 않는다고 보았다.

또한, 측량비용은 그 측량의 목적과 용역 대가의 내역 등에 비추어 조합원 분담금 산정 등을 위한 것이라면 달리 볼 여지가 있고, 소송비용은 조합원들과의 법률적 분쟁을 해결함으로써 이 사건 사업의 원활한 진행을 위해 지출한 것이라면 토지와 관련한 비용이라거나 토지의 취득원가라고 할 수 없다고 했다.

그러면서 원고가 수행한 사업의 내용, 비용의 지출 목적과 경위 등을 구체적으로 밝혀 이 사건 비용이 토지와 관련해 지출한 면세사업 비용인지 아니면 토지와 무관하게 이 사건 주택과 관련해 지출한 과세사업 비용인지를 확정해야 하는데, 이를 살피지 않고 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 판시했다.

● 결어

아파트 건설의 경우 국민주택규모(85㎡) 이하(면세)분 및 국민주택규모(85㎡) 초과(과세)분, 상가분양(과세)분 등으로 구분할 수 있고, 토지 및 건물 분으로 그 과·면세 매입액을 구분할 수 있다. 또한 그 구분이 명확하지 않은 경우에는 공통매입세액으로 보아 과·면세 비율로 안분해 불공제 매입세액을 계산하도록 하고 있다.

주택건설 시 발생하는 비용이 크고 그에 따른 매입세액 환급액 규모도 크기 때문에 그 환급세액의 공제대상 여부를 구분하는 것은 매우 민감한 문제이다. 위의 사례처럼 철거비, 감정평가비, 측량비, 교통환경평가비 등 이외에도 설계비, 관리비, 세무대리수수료 등 많은 비용들이 발생하기 때문에 주택의 분양수입이 발생하기 이전에는 부가세 환급세액이 많이 발생할 수밖에 없는 구조이기 때문에 더욱 중요하다.

그렇지만 위와 같은 사례들이 발생비용의 과·면세를 구분하는데 예시를 보여주고 있고, 세법에 보다 전문적인 지식을 가진 전문가를 활용한다거나 비용을 사용하는 담당자와 회계처리 및 세무신고 담당자 사이의 끊임없는 소통으로 꼼꼼하게 파악해 업무 처리를 하는 것이 납세자와 과세관청의 의견 차이를 줄이는 방법이다.

이석봉 세무사는 국립 세무대학을 졸업하고, 연세대 법학석사를 거쳐 강남대 세무학 박사과정에 재학중이다. 오랜 기간 국세청에 근무하면서 세무조사 및 소송, 국제조사, 혁신분야 등을 두루 섭렵했으며, 조사업무 대응 등 다양한 분야에서 노하우를 갖고 있다. 현재 세무법인 호연 대표세무사를 맡고 있다.

이석봉 세무사는 국립 세무대학을 졸업하고, 연세대 법학석사를 거쳐 강남대 세무학 박사과정에 재학중이다. 오랜 기간 국세청에 근무하면서 세무조사 및 소송, 국제조사, 혁신분야 등을 두루 섭렵했으며, 조사업무 대응 등 다양한 분야에서 노하우를 갖고 있다. 현재 세무법인 호연 대표세무사를 맡고 있다.