부가가치세 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 범위에서 필요적 기재사항의 오류가 있는 경우 부가가치세 매입세액을 공제해줄 수 있는 지 여부에 대한 판례이다. 세금계산서가 선발급된 경우라도 용역을 제공받고 대금을 지급한 후 부가가치세 신고를 했다면 탈세의도가 없는 것으로 보아 매입세액을 공제해야 한다고 판시했다.

부가가치세법에서는 일반적으로 장기에 걸쳐 건설공사를 하는 경우 공사의 진행정도에 따라 공사비를 지급하도록 규정하고 있고, 공사비를 지급한 날에 용역을 공급한 것으로 본다. 따라서 이 날짜에 세금계산서가 발행되는 것이 원칙이고, 그 보다 먼저 세금계산서를 발행하면 7일 이내에 대금을 지급받아야만 적법한 것으로 취급된다.

만약, 선발행 세금계산서에 대해서 7일 이내에 대금을 지급받지 않은 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 부인하고 있다. 즉, 대금지급기일과 세금계산서 발행일이 동일해야 한다는 원칙에서 벗어났다는 의미다.

일반인이 생각하기에는 ‘먼저 발행한 세금계산서가 큰 문제가 될까?’라고 할 수 있겠지만, 이 사건은 선발행 세금계산서에 대해서 매입세액을 공제받지 못해 대법원까지 소송이 진행된 경우이다. 단순히 보기에는 상식적인 것이더라도, 세무서에서 아니라고 하는 순간 많은 시간과 경제적인 노력을 들여 확인을 받아야 하는 것이다.

이번 판례는 선 발행 세금계산서도 후 발행 세금계산서와 같이 동일 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액을 공제해주어야 한다는 내용이다.

● 사실관계

원고는 2011년 7월 6일 A산업개발과 물류센터 신축에 관해 공사기간을 2011년 7월 7일부터 2012년 1월 31일까지로 하고, 공사대금 중 선급금을 2011년 10월 31일까지 지급하고, 나머지 금액을 각 기성고율에 따른 금액으로 나누어 지급하기로 하여 공사도급 계약을 체결했다.

원고는 2011년 10월 18일 위 선급금에 관해 A산업개발로부터 세금계산서를 발급 받은 후 2011년 10월 31일 A산업개발에 선급금을 지급했다.

이후 과세관청이 세무조사를 실시한 결과, 2011년 10월 18일자 세금계산서에 대해서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 2012년 6월 1일 매입세액을 불공제해 부가가치세를 경정·고지했다. 원고가 이에 불복해 심판을 청구했으나 청구가 기각됐다.

● 원고의 주장

원고가 발급받은 2011년 10월 18일자 세금계산서는 실제 공급일보다 먼저 발급됐지만 이는 착오에 의한 것인데, 재화나 용역의 공급시기와 다르게 작성된 세금계산서라 하더라도 재화나 용역의 공급시기와 동일한 과세기간 내에 작성된 것인 이상 하자는 치유되는 것이고, 이러한 사정은 그 세금계산서가 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성됐는지 여부에 따라 달라지는 것은 아니다. 따라서 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 세금계산서의 경우에도 거래사실이 확인되는 경우에는 적법한 세금계산서로 보아야 한다.

구 부가가치세법 시행령 제54조 제2항에서 ‘사업자가 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일로부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에 세금계산서를 발급한 것으로 본다’고 규정하는 것은 과세기간이 경과한 날로부터 7일로 해석하거나 훈시규정으로 보아야 한다고 주장했다.

● 과세관청(피고)의 주장

매입세액을 공제받기 위해서는 부가가치세법 제54조 제2항이나 제3항 또는 제60조 제2항 제2호나 제3호의 사유가 있어야 하는데, 이 사건 세금계산서는 공급시기 이전에 교부받은 것이므로 위 법령에 해당하지 않아 매입세액을 공제할 수 없다.

부가가치세법 시행령 제54조 제2항은 ‘사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고, 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에 세금계산서를 발급한 것으로 본다’라고 명시적으로 규정하고 있는바, 위와 같이 명시적인 규정을 문언과 다르게 해석해야 한다거나 이를 훈시규정으로 볼 아무런 근거가 없다고 주장했다.

● 심판원 및 행정법원의 판단

심판원 및 행정법원에서는 용역을 공급받고 대금을 지급했음에도 매출자로부터 바로 세금계산서를 교부받지 못하는 경우가 빈번한 거래현실을 고려해 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라도 당해 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액 공제를 허용하고 있지만, 이 사건과 같이 공급시기 이전에 세금계산서를 발급받은 경우는 공급시기 이후에 세금계산서를 발급받은 경우와 다르게 취급해야 할 필요성이 있다고 보았다.

대금을 지급하지 않고 공급시기 이전에 세금계산서를 발급받은 경우에는 매입세액을 공제할 근거 규정이 없고 매입자 보호의 필요성도 없을 뿐만 아니라 매입자에게 대금을 지급하지 않은 상태에서 미리 세액 환급을 받는 부당한 이익을 누리도록 보장하는 결과가 되므로 동일한 과세기간 내에 실제 거래사실이 확인되는 경우라고 하더라도 매입세액은 공제받을 수 없다고 판시했다.

● 고등법원 및 대법원의 판단

고등법원에서는 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것일 뿐만 아니라, 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으므로, 실제 공급시기와 시기를 달리해 작성·교부된 세금계산서는 원칙적으로 매입세액의 공제를 부인해야 하는 것이 맞다고 보았다.

그렇지만 재화나 용역의 공급시기와 다르게 작성된 세금계산서라 하더라도 위와 같은 세금계산서의 본질적 기능을 해하지 않는 한도 내에서는 매입세액 공제를 허용해 납세의무자의 피해를 구제해 줄 필요가 있고, 그렇게 하는 것이 전단계 세액공제법에 의해 세액이 산출되는 현행 부가가치세제도의 본질 및 실질과세 원칙, 조세공평의 원칙에도 부합한다고 했다.

또한, 용역의 공급시기 이후 교부받은 세금계산서에 대해 당해 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 작성연월일이 ‘착오’로 기재됐는지 여부에 구애됨이 없이 구 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호를 적용해 매입세액 공제를 허용해 왔고, 이러한 법리는 세금계산서가 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 경우라 하여 반드시 달리 볼 수는 없다고 했다.

따라서 동일한 과세기간인 2011년 2기에 이 사건 세금계산서상의 대금을 지급하고 그에 부합하는 용역도 제공받은 다음 위 세금계산서의 매입세액을 공제해 부가가치세를 신고·납부했으므로 탈세 의도가 있었다고 보기 어려운 바, 넓은 의미에서는 ‘착오’에 기인해 필요적 기재사항 중 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 발급받은 것으로 볼 수 있다고 판시했다.

대법원 또한 고등법원과 마찬가지로 원심의 판단이 정당하고 법 해석 적용에 법리를 오해한 위법이 없다고 보아 고등법원의 판단을 그대로 받아들였다.

선량한 사업자가 구제받을 길 열려

부가가치세 매입세액 불공제는 사업자에게 지나치게 가혹한 결과를 가져온다. 거래금액의 10%에 해당하는 금액을 공제받지 못한다는 것은 일반적인 가산세에 비해서도 지나치다는 의견이 많다.

대상판결은 선발급 세금계산서라도 부가가치세의 정상적인 운영을 저해하거나 본질적인 기능을 해치지 않는 경우에는 매입세액이 공제된다고 판결해, 까다로운 세법의 규정을 정확하게 모르는 선량한 사업자가 구제받을 수 길을 열었다는 점에 의의가 있다.

나아가, 입법론적으로 세금계산서의 발급오류에 대해 납세의무자의 탓으로 돌릴 수 없는 경우에 비록 같은 과세기간에 세금계산서가 발급되지 않았다고 하더라도 예외적으로 매입세액 공제를 허용하도록 규정화하는 것이 바람직하다고 본다.

다만, 부가가치세법의 본질적인 정의를 무시하고 법제도를 악용하는 경우가 발생한다면 국가에서도 그에 맞는 철퇴를 가할 것이다.

이석봉 세무사는 국립 세무대학을 졸업하고, 연세대 법학석사를 거쳐 강남대 세무학 박사과정에 재학중이다. 오랜 기간 국세청에 근무하면서 세무조사 및 소송, 국제조사, 혁신분야 등을 두루 섭렵했으며, 조사업무 대응 등 다양한 분야에서 노하우를 갖고 있다. 현재 세무법인 호연 대표세무사를 맡고 있다.